La primitiva struttura era, agli inizi del Quattrocento, più bassa di quella attuale e fu edificata negli anni delle pestilenze di fine Trecento, secondo un modello molto diffuso nelle Marche che, secondo alcuni, ha dato vita anche all’originaria costruzione della Santa Casa di Loreto.

La Chiesa fu poi scelta come sede delle tombe della famiglia Ferretti, sotto il feudo della quale sorgeva l’edificio. Vi si conservano importanti affreschi, risalenti al 1450-55, che furono probabilmente coperti nel 1610, durante dei restauri compiuti dalla famiglia Ferretti, di cui resta testimonianza in un’epigrafe, e scoperti nel Novecento, in occasione dei lavori di restauro commissionati dai Ferretti; questi furono restaurati nel 1938-40 da Dante De Carolis e Marco Pesarini. Alcuni furono distaccati e poi ricollocati nel 1969.

Essi rappresentano il Padre Eterno, Gesù crocifisso con due angeli, i Santi Paolo e Pietro, La Madonna della Misericordia al centro, un Santo diacono e San Bernardino da Siena, insieme al trigramma.
L’intera decorazione è ritenuta di una stessa mano, di gusto pienamente tardogotico, fiammeggiante nella cattedra del Santo Vescovo nella parte destra. Originariamente riferiti a Giacomo di Nicola, vanno invece, secondo Andrea De Marchi, attribuiti a un maestro forse associabile a Giambono di Corrado da Ragusa.